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Affichage des articles associés au libellé Bioinformatique / Bioinformatics

Une revue systématique mondiale et une méta-analyse sur la prévalence de la contamination par l'aflatoxine B1 dans l'huile d'olive / A global systematic review and meta-analysis on prevalence of the aflatoxin B1 contamination in olive oil (2022)

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  L'huile d'olive peut être contaminée par des toxines fongiques ; par conséquent, il est nécessaire de surveiller l'incidence des mycotoxines dans cette huile végétale. Dans cette étude, la prévalence de l'aflatoxine B1 détectable (AFB1) dans l'huile d'olive a été évaluée à l'aide d'une revue systématique et d'une approche de méta-analyse sur 30 ans, du 1er janvier 1991 au 31 décembre 2020. La recherche a été effectuée via des bases de données (Scopus, Web of Science, PubMed, Agris et Agricola). Après le processus de présélection et de sélection des études réalisées sur le sujet, les textes intégraux des études éligibles (46 études) ont été évalués et les données de neuf études ont été extraites. Puis, un modèle a été utilisé pour estimer la prévalence d'AFB1 dans l'huile d'olive et déterminer la mesure globale de l’effet lors du regroupement des études ( méthode de DerSimonian et Laird). La mesure de la prévalence des mycotoxines a ensu...

EToxPred : une approche basée sur l'apprentissage automatique pour estimer la toxicité de médicaments candidats / eToxPred: a machine learning-based approach to estimate the toxicity of drug candidates. BMC Pharmacol Toxicol. (2019)

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6325674/pdf/40360_2018_Article_282.pdf EToxPred : une approche basée sur l'apprentissage automatique pour estimer la toxicité de médicaments candidats. BMC Pharmacol Toxicol. (2019) Les avancées récentes en matière de techniques expérimentales à haut débit et de modélisation informatique promettent de réduire les coûts et les temps de développement nécessaires à la commercialisation de nouveaux médicaments. La prédiction de la toxicité de médicaments candidats est l’un des éléments importants dans la découverte de médicaments modernes. Dans ce travail, les auteurs ont décrit eToxPred, une nouvelle approche permettant d’estimer de manière fiable la toxicité et l’accessibilité synthétique de petits composés organiques. eToxPred utilise des algorithmes d'apprentissage automatique formés sur des empreintes moléculaires pour évaluer les médicaments candidats. La toxicité estimée correspond au Tox-score,...

Méthode de prévision de la toxicité basée sur un réseau de neurones à convolution multicanaux / Toxicity Prediction Method Based on Multi-Channel Convolutional Neural Network. Molecules (2019)

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https://www.mdpi.com/1420-3049/24/18/3383/htm Méthode de prévision de la toxicité basée sur un réseau de neurones à convolution multicanaux. Molécules (2019) Da ns la vie quotidienne, les gens sont exposés chaque jour à de nombreuses molécules par le biais d'aliments, de médicaments, etc. Par conséquent, tester la toxicité d'une molécule est crucial pour la vie humaine. La prédiction de la toxicité moléculaire est l’une des études clés dans la conception de médicaments. Dans cet article, un réseau d'apprentissage approfondi (« deep learning ») basé sur une grille de molécules en deux dimensions est proposé pour prédire la toxicité moléculaire. Tout d’abord, la force de van der Waals et la liaison hydrogène ont été calculées en fonction de différents descripteurs de molécules, puis des grilles multicanaux ont été générées et ont permis de découvrir en détails des informations moléculaires utiles pour la prévision de la toxicité. Les grilles générées ont été introduite...

Approches définies améliorées pour prédire le danger et la puissance de la sensibilisation cutanée chez l'homme / Improved defined approaches for predicting skin sensitization hazard and potency in humans

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https://www.altex.org/index.php/altex/article/view/1165/1243 Approches définies améliorées pour prédire le danger et la puissance de la sensibilisation cutanée chez l'homme (2019). Depuis que l'UE a interdit, en 2013, l'expérimentation animale pour évaluer les produits cosmétiques et leurs ingrédients, de nombreuses approches définies (AD) pour l'évaluation de la sensibilisation cutanée ont été développées. Les modèles d’apprentissage automatique se sont révélés efficaces dans les AD, mais la prédictivité semble être affectée par un déséquilibre des données (c’est-à-dire un plus grand nombre de sensibilisateurs que de non sensibilisants) et par des informations limitées dans les bases de données. Les AD améliorées dans cette étude pourraient constituer des outils prometteurs pour l'évaluation de la sensibilisation cutanée sans tests sur animaux. #sensibilisation https://www.altex.org/index.php/altex/article/view/1165/1243 Improved defined approach...

Modélisation de la toxicité / Multitask Toxicity Modeling

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https://ochem.eu/home/show.do   Étude comparative de la modélisation de la toxicité dans un vaste espace chimique. JCIM (2018). Les modèles MultiTox sont disponibles gratuitement sur la plateforme OCHEM ( ochem.eu/multitox ) sous licence CC-BY-NC https://ochem.eu/home/show.do C omparative Study of Multitask Toxicity Modeling on a Broad Chemical Space. JCIM (2018).  The MultiTox models are freely available in OCHEM platform ( ochem.eu/multitox ) under CC-BY-NC license.

Inventaire d’outils pour évaluer la sécurité des nanomatériaux / An inventory of tools for the safety assessment of nanomaterials

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6255795/pdf/main.pdf Un inventaire d’outils prêts à l’emploi et disponibles au public pour évaluer la sécurité des nanomatériaux (2018).  Cet inventaire, nommé « boîte à outils NANoREG », est un ensemble de métadonnées au format Excel® qui rassemble les informations nécessaires à la sélection et à l'accès à des instruments qui répondent à des objectifs spécifiques. Les outils sont classés en fonction de leur objectif, de leur type et de leur statut réglementaire. La boîte à outils couvre une gamme sans précédent et étendue de plus de 500 outils actuels, développés en Europe et au-delà.  Alors que NANoREG se focalise sur le règlement REACH de l’Union Européenne (règlement concernant l’enregistrement, l’évaluation et l’autorisation des substances chimiques, ainsi que les restrictions applicables à ces substances ) les instruments de la boîte à outils sont également pertinents et utiles pour évaluer la sécurité des nan...

Toxicogénomique / Toxicogenomics

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6080592/?report=printable Développements en toxicogénomique : comprendre et prédire la toxicité induite par un composé à partir de données d'expression génétique. Molecular Omics.(2018).  Le domaine de la toxicogénomique vise à comprendre et à prédire la toxicité en utilisant des données « omiques » afin d’étudier les réponses des systèmes aux traitements par des composés. Ces dernières années, on a assisté à une augmentation rapide du nombre de données toxicologiques et « omiques » disponibles, en particulier de données sur l’expression des gènes, ainsi qu’à l’élaboration de méthodes d’analyses de ces données. Cette revue résume les progrès récents relatifs à l'analyse des données d'ARN-Seq et de puces à ADN, examine les bases de données pertinentes et souligne les applications récentes des données de toxicogénomique utilisées pour comprendre et prédire la toxicité des composés. À l'avenir, ces méthodes de pointe se...